Standardní NWN nemoce jenž nejsou téměř účinné byly doplněny o sadu nových nebezpečných Equilibrijských nemocí. Každá nemoc má své unikátní příznaky, které se čas od času na postavě začnou projevovat. Nemocí je celá řada od zavšivení a zablešení až po smrtící horkou nemoc.
Souběžně s těmito nemocemi záskávají klerici sadu nových kouzel pro léčení těchto nemocí, neboť standardní kouzla na Equilibrijské nemoci nezabírají. K dispozici je i léčení postav v chrámech a dokonce i jednotlivé či univerzální medikamenty proti nemocem. Nemoci jsou dokonce provázány s činnostmi a místy a i s jinými nemocemi - neléčená či opakovaná lehká nemoc tak může ve svém důsledku vést k daleko horšímu onemocnění.
Nemoce lze chytit různě, od přenosu z nakaženého zvířete či bestie až po nezdravý vzduch v některých místech. Paladiné a mniši se získáním jistých dovedností mohou některým nemocem úspěšně čelit. Postava může mít najednou klidně i všechny nemoci.
