Lodě na Equilibrii nejen neslouží jako obyčejné teleporty a jezdí podle svých jízdních řádů za peníze, ale navíc je může na volném moři zastihnout bouře, která je zdrží.
Lodních spojení je celá řada a z velké části nabízí kratší a bezpečnější spojení mezi jednotlivými částmi Desky. Před odplutím se je možné u kapitána plavidla informovat, kdy odplouvá další loď a kolik stojí místo na ní. Po zaplacení je nutné se v době odplutí zdržovat na palubě lodi, jinak loď odpluje bez vás. Kontrola zda pasažer zaplatil je prováděna pomocí lodních lístků, které platí herní měsíc po svém zakoupení. Stačí si jen vybrat lodní spoj na linku pro niž máte zakoupený lístek.
Následuje fáze, kdy je loď na otevřeném moři a pasažéři jen sledují více či méně klidnou hladinu moře okolo. U větších korábů je možnost uchýlit se do podpalubí a cestu např. prospat. Za určitý čas loď dorazí ke svému cíli a pasažeři mohou vystoupit.
Lodní doprava má tak dosti realistický charakter, což přispívá k dobrému pocitu ze hry - při ústupu z kontinentu nebo při plavbě za cílem je tak nutné počítat i s lodním jízdním řádem a nějakou dobou pro vlastní plavbu.
